ビジネス上のやりとりにおいて、よく手紙・メールの末尾に「ご自愛ください」という言葉が使われます。

この「ご自愛ください」とは、「ご自身の体を大切にしてください」ということを意味します。

今頃の季節でしたら、
「季節の変わり目ですから、ご自愛ください」
「風邪が流行っているようですから、ご自愛ください」
などと使うのが一般的でしょうか。

ちなみに、「ご自愛ください」という言葉は、男性・女性関係なく使うことができます。
また、相手を気遣う意味がある丁寧な言葉遣いなので、目上の人に用いても問題はありません。

ただ、相手の体調を気遣って、
「お体をご自愛ください」と書くのは、重複表現となるので間違いです。
ご自愛くださいに「体」の意味を含んでいるからです。

このような気遣いのあるお手紙に対する返信です。

　お気遣いいたきまして、誠にありがとうございます。
○○さんもどうぞお体にはお気をつけください。

というのが定番の返事でしょうか。
基本的に『相手の気遣いに対するお礼の言葉＋こちらからも相手を気遣う言葉』という形式で書くとよいでしょう。

皆様も、気温の変化の激しい日が続いておりますので、どうぞご自愛ください。